De clownvis Marlin leidt samen met zijn enige zoon Nemo een veilig leventje in het Great Barrier Reef bij Australië. Wanneer Nemo onverwachts weggehaald wordt van zijn thuis, en in het aquarium van een tandarts belandt, is het aan Marlin om hem te redden. Hij krijgt hierbij hulp van Dory, de vis met het slechtste kortetermijngeheugen en het grootste hart van de hele oceaan.